Das Start-up Center ist in einer Vielzahl von Projekten zur Gründungsförderung mit verschiedenen Kooperationspartnern, darunter weitere Universitäten oder Hochschulen, involviert. Die Zusammenschlüsse reichen dabei auch über regionale und nationale Grenzen hinaus.
Verbundprojekt zwischen der Universität Passau und der Universität Regensburg, der OTH Regensburg, der OTH Amberg-Weiden, der TH Deggendorf und der Hochschule Landshut zur Gründungsförderung in Ostbayern.